{"id":9713,"date":"2024-02-22T23:09:22","date_gmt":"2024-02-22T22:09:22","guid":{"rendered":"https:\/\/vocabulaires-ouverts.inrae.fr\/?p=9713"},"modified":"2025-12-10T17:20:33","modified_gmt":"2025-12-10T15:20:33","slug":"metasaurus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/istblogs.d-marheine.com\/lovinra\/metasaurus\/","title":{"rendered":"MetaSaurus, un r\u00e9f\u00e9rentiel s\u00e9mantique pour la m\u00e9tabolomique"},"content":{"rendered":"\t\t
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Le projet MetaSaurus : retour d'exp\u00e9rience sur la construction d'une ressource s\u00e9mantique pour les recherches en m\u00e9tabolomique.\n<\/h1>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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N<\/strong>ous pr\u00e9sentons ici les \u00e9tapes de la construction d’une ressource s\u00e9mantique permettant de r\u00e9pondre aux besoins d’annotation s\u00e9mantique de donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par les \u00e9tudes m\u00e9tabolomiques.
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La d\u00e9marche s’est bas\u00e9e sur la m\u00e9thodologie LOT-Linked Open Terminology et a consist\u00e9 \u00e0 pr\u00e9ciser le\u00a0 choix de l’ontologie (mod\u00e8le pivot) et le vocabulaire destin\u00e9s \u00e0 structurer et annoter les donn\u00e9es afin d’obtenir des graphes de connaissances stock\u00e9s au format RDF dans un triple store.<\/span><\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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Origine du besoin<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Les ing\u00e9nieurs sp\u00e9cialis\u00e9s en science des donn\u00e9es de l\u2019infrastructure nationale de M\u00e9tabolomique et de Fluxomique MetaboHUB\u00a0 travaillent depuis pr\u00e8s de quatre ans sur les technologies du Web s\u00e9mantique et du \u00ab\u00a0Big Data\u00a0\u00bb et leurs applications au domaine de la m\u00e9tabolomique.\u00a0<\/strong> Les soutiens du PIA MetaboHUB V2.0 [1], du dispositif SAPI (Soutien \u00e0 Projets Innovants) de la DipSO\u00a0 et du d\u00e9partement ALIMH INRAE ont permis le financement d’une infrastructure de lac de donn\u00e9e prototype. La mise en place d’une telle infrastructure et son exploitation pour la mise \u00e0 disposition de graphes de connaissances posent de nouvelles probl\u00e9matiques, notamment la question de la repr\u00e9sentation\u00a0 des donn\u00e9es au moyen d’ontologies ou des vocabulaires de r\u00e9f\u00e9rence. A partir de ce besoin, un projet collaboratif a \u00e9t\u00e9 initi\u00e9 avec le double int\u00e9r\u00eat de construire un mod\u00e8le qui soit sp\u00e9cifique \u00e0 la m\u00e9tabolomique tout en restant r\u00e9-applicable \u00e0 d\u2019autres donn\u00e9es omiques.<\/p>

Ainsi, le projet MetaSaurus, financ\u00e9 par le dispositif SAPI 2021\u00a0 de la DipSO et le PIA MetaboHub 2.0, a eu pour objectifs de :<\/strong><\/p>

  1. D\u00e9velopper un \u00a0\u00bb mod\u00e8le pivot \u00a0\u00bb adapt\u00e9 aux \u00e9tudes m\u00e9tabolomiques en s\u2019appuyant sur des ontologies d\u00e9j\u00e0 publi\u00e9es dans un premier temps, puis proposer des extensions pour l\u2019adaptation \u00e0 des cas d\u2019usage trait\u00e9s dans le contexte de l’infrastructure nationale MetaboHUB ;<\/li>
  2. S\u00e9lectionner des m\u00e9thodologies d’int\u00e9r\u00eat pour la construction de \u00a0\u00bb mod\u00e8le(s) pivot(s)\u00a0\u00bb en science ;<\/li>
  3. Partager cette exp\u00e9rience avec d’autres communaut\u00e9s scientifiques souhaitant s’engager dans une d\u00e9marche similaire.<\/li><\/ol>

    Le projet s\u2019est d\u00e9roul\u00e9 entre septembre 2022 et janvier 2024.<\/strong> Il a r\u00e9uni sept personnes de profils et d\u2019horizons vari\u00e9s : deux ing\u00e9nieures en organisation de la connaissance (Sophie Aubin, DipSO et CATI Prosodie et Magalie Weber, DipSO et CATI DIISCICO, d\u00e9partement Transform) et cinq informaticien.nes ou bioinformaticien.nes des CATI Empreinte et Prosodie travaillant sur des plateformes de m\u00e9tabolomique (Franck Giacomoni, Marie Lefebvre, Nils Paulhe, Olivier Filangi, David Benaben,\u00a0 d\u00e9partements AlimH, BAP et SPE).<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    L'\u00e9quipe du projet (source: https\/\/\/metasaurus.fr\/project.html)<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tInfrastructure MetaboHUB\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tProjet MetaSaurus\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t
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    Etapes de la construction\n<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Un premier atelier en s\u00e9ance pl\u00e9ni\u00e8re a permis de r\u00e9fl\u00e9chir \u00e0 la m\u00e9thodologie et au p\u00e9rim\u00e8tre du projet (T1). La m\u00e9thodologie LOT <\/strong>a \u00e9t\u00e9 retenue car elle propose une strat\u00e9gie adapt\u00e9e \u00e0 la construction (T2). Concernant l\u2019\u00e9laboration du mod\u00e8le pivot (T3), une s\u00e9rie de s\u00e9ances de travail ont eu lieu en distanciel entre janvier 2023 et janvier 2024. Enfin, un second s\u00e9minaire en pr\u00e9sentiel a permis de cl\u00f4turer le projet et d\u2019\u00e9laborer de nouvelles pistes d\u2019action (T4).<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Organisation du projet (source: https\/\/\/metasaurus.fr\/project.html)<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Compr\u00e9hension g\u00e9n\u00e9rale du besoin \n<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Conform\u00e9ment \u00e0 la m\u00e9thodologie LOT, la premi\u00e8re t\u00e2che a consist\u00e9 \u00e0 d\u00e9finir le p\u00e9rim\u00e8tre et les cas d\u2019usage, puis \u00e0 identifier des ressources s\u00e9mantiques candidates (ontologies ou nomenclatures et vocabulaires existants).\u00a0 Une cartographie des besoins et des ressources s\u00e9mantiques ou sch\u00e9mas de m\u00e9tadonn\u00e9es couvrant la m\u00e9tabolomique a ainsi \u00e9t\u00e9 \u00e9labor\u00e9e.<\/b><\/p>

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    Proposition d\u2019un mod\u00e8le d\u2019int\u00e9gration pour les \u00e9tudes en m\u00e9tabolomique \n<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Pour la construction du mod\u00e8le (t\u00e2che 3), le groupe s\u2019est appuy\u00e9 sur des s\u00e9ances de travail r\u00e9guli\u00e8res \u00e0 l\u2019aide de l\u2019outil collaboratif Klaxoon.<\/p>

    Le mod\u00e8le ISA [2] \u00e9tant un standard tr\u00e8s utilis\u00e9 dans la communaut\u00e9, un premier atelier a eu pour objectif de tester sa repr\u00e9sentation RDF<\/strong> Linked ISA<\/strong> [3] sur un jeu de donn\u00e9es issu de MetaboLights [<\/u>4]. Un deuxi\u00e8me atelier a permis de tester son application au mod\u00e8le de donn\u00e9es de PeakForest<\/strong>, la base de donn\u00e9es spectrales en m\u00e9tabolomique de l’infrastructure MetaboHUB [5].<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    D\u00e9finition du p\u00e9rim\u00e8tre d'\u00e9tude \u00e0 l'aide de l'outil Klaxoon<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Conclusion<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Ce projet a permis d\u2019exp\u00e9rimenter la phase de sp\u00e9cification de la m\u00e9thode LOT.<\/strong>\u00a0 Cependant, le travail pr\u00e9vu apr\u00e8s cette phase n\u2019a pas pu \u00eatre r\u00e9alis\u00e9, notamment en raison de l\u2019\u00e9chec \u00e0 recruter un stagiaire ayant des comp\u00e9tences en ing\u00e9nierie des connaissances et\/ou en web s\u00e9mantique qui devait\u00a0 r\u00e9aliser l’impl\u00e9mentation. Malgr\u00e9 cela, la constitution d’un groupe de travail nous a permis de s\u00e9lectionner diff\u00e9rents cas d\u2019usage, ce qui a facilit\u00e9 la pr\u00e9s\u00e9lection d\u2019ontologies d\u2019int\u00e9r\u00eat dans le domaine de la m\u00e9tabolomique.<\/p>

    En r\u00e9sum\u00e9, la philosophie g\u00e9n\u00e9rale de la conception du mod\u00e8le pivot s\u2019appuie sur la r\u00e9utilisation d\u2019un mod\u00e8le g\u00e9n\u00e9rique adaptable \u00e0 l\u2019aide de vocabulaires sp\u00e9cialis\u00e9s pour le domaine d’\u00e9tude.<\/strong> Linked ISA a \u00e9t\u00e9 le mod\u00e8le retenu en raison de son utilisation par le portail de r\u00e9f\u00e9rence europ\u00e9en de d\u00e9p\u00f4t d’\u00e9tudes en m\u00e9tabolomique (EBI MetaboLights),\u00a0 mais des questions ont n\u00e9anmoins \u00e9t\u00e9 soulev\u00e9es : d\u2019une part autour de la maintenance du mod\u00e8le et la version utilis\u00e9e, et d\u2019autre part, autour\u00a0 de l\u2019interop\u00e9rabilit\u00e9 avec d\u2019autres mod\u00e8les, en particulier SOSA\/SSN, publi\u00e9 par le World Wide Web Consortium (W3C).<\/p>

    Pour conforter le choix du mod\u00e8le et valider les exigences fonctionnelles pour aller vers une impl\u00e9mentation concr\u00e8te, un travail compl\u00e9mentaire a \u00e9t\u00e9 programm\u00e9 au sein de la communaut\u00e9 en m\u00e9tabolomique de l\u2019infrastructure\u00a0 europ\u00e9enne en bioinformatique ELIXIR.<\/strong> Une proposition de projet port\u00e9 par Franck Giacomoni<\/strong> a \u00e9t\u00e9 d\u00e9pos\u00e9 dans ce cadre lors de l’appel 2024 \u00ab\u00a0Science of the Commissioned Services\u00a0\u00bb au travers de l’Institut Fran\u00e7ais de Bioinformatique (IFB) et de MetaboHUB.<\/p>

    Par ailleurs, les ontologies OBO Foundry<\/strong> [6] ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9es comme \u00e9tant des ressources int\u00e9ressantes \u00e0 r\u00e9utiliser pour le vocabulaire contr\u00f4l\u00e9 permettant l’annotation des donn\u00e9es. Une r\u00e9flexion sur les alignements avec le Th\u00e9saurus INRAE<\/strong> est \u00e9galement engag\u00e9e.<\/p>

    Le projet Metasaurus a \u00e9t\u00e9 pr\u00e9sent\u00e9 lors du S\u00e9minaire r\u00e9sidentiel INRAE \u00ab\u00a0Semantic Linked Data\u00a0\u00bb organis\u00e9 en 2023<\/strong> [7], permettant de faire un premier retour aupr\u00e8s des communaut\u00e9s scientifiques int\u00e9ress\u00e9es par la structuration de leurs donn\u00e9es.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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