{"id":6521,"date":"2022-10-24T14:55:49","date_gmt":"2022-10-24T13:55:49","guid":{"rendered":"https:\/\/ist.blogs.inrae.fr\/vocabulaires\/?p=6521"},"modified":"2023-04-14T13:02:22","modified_gmt":"2023-04-14T12:02:22","slug":"stage-master-construction-dune-ontologie-dediee-a-la-metabolomique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/istblogs.d-marheine.com\/lovinra\/stage-master-construction-dune-ontologie-dediee-a-la-metabolomique\/","title":{"rendered":"Stage Master \u2013 Construction d\u2019une ontologie d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la m\u00e9tabolomique"},"content":{"rendered":"\t\t
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Stage Master \u2013 Construction d\u2019une ontologie d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la m\u00e9tabolomique<\/h1>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Ing\u00e9nierie des connaissances<\/h1>\r\n

Titre du stage :<\/strong><\/h2>\r\nConstruction d\u2019une ontologie d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la m\u00e9tabolomique\r\n

Contexte :<\/strong><\/h2>\r\nINRAE<\/a>\u00a0est un institut de recherche public \u0153uvrant pour un d\u00e9veloppement coh\u00e9rent et durable de l’agriculture, l’alimentation et l’environnement.\r\n\r\nPour r\u00e9pondre \u00e0 des questions scientifiques de plus en plus complexes, il est souvent n\u00e9cessaire de combiner des donn\u00e9es provenant de banques de donn\u00e9es publiques.\u00a0La mani\u00e8re de repr\u00e9senter ces donn\u00e9es peut varier en fonction des communaut\u00e9s scientifiques ou des outils utilis\u00e9s pour les produire par exemple. Dans ce cas, il est n\u00e9cessaire de formaliser la mani\u00e8re de repr\u00e9senter et de nommer les objets du domaine d\u2019\u00e9tude ainsi que leurs propri\u00e9t\u00e9s. Cette \u00e9tape se concr\u00e9tise g\u00e9n\u00e9ralement par la constitution de ressources s\u00e9mantiques telles que les th\u00e9saurus et les ontologies.\r\n\r\nL\u2019infrastructure nationale de m\u00e9tabolomique MetaboHUB<\/a><\/a>\u00a0a pour objectif de fournir des outils technologiques de pointe et des services en m\u00e9tabolomique et fluxomique aux \u00e9quipes de recherche acad\u00e9miques et \u00e0 des partenaires industriels dans les domaines de la sant\u00e9, de la nutrition, de l’agriculture, de l’environnement et des biotechnologies. Dans le cadre de sa nouvelle feuille de route, un des objectifs principaux est de favoriser une meilleure int\u00e9gration des donn\u00e9es et des services MetaboHUB au sein du consortium et au-del\u00e0. Les \u00e9tudes actuelles sur le m\u00e9tabolisme n\u00e9cessitent l\u2019utilisation d\u2019un nombre croissant de ressources de donn\u00e9es, complexes, produites ou stock\u00e9es et au sein des plateformes de m\u00e9tabolomique et sur le Web.\r\n\r\nC\u2019est dans ce contexte que le projet\u00a0du stage\u00a0s\u2019inscrit.\u00a0Ainsi,\u00a0le projet MetaSaurus<\/strong> r\u00e9unit des experts en ing\u00e9nierie des connaissances et en science des donn\u00e9es du domaine de la m\u00e9tabolomique avec pour objectif de b\u00e2tir un mod\u00e8le de connaissance adapt\u00e9 aux \u00e9tudes m\u00e9tabolomiques en s’appuyant sur les ontologies, th\u00e9saurus et vocabulaires contr\u00f4l\u00e9s publi\u00e9s (Thesaurus INRAE, Ontologies OBO Foundry \/ BioPortal).\r\n

Objectifs du stage<\/strong><\/h2>\r\nProduire une ontologie adapt\u00e9e au domaine de la m\u00e9tabolomique et les supports m\u00e9thodologiques d\u2019accompagnement de la d\u00e9marche.\r\n

D\u00e9roulement du stage<\/strong><\/h2>\r\nA partir des sp\u00e9cifications du projet MetaSaurus et de la description des \u00e9tapes d\u2019int\u00e9gration de donn\u00e9es en m\u00e9tabolomique, le projet consistera \u00e0 \u00e9laborer la premi\u00e8re version d\u2019une ontologie d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la m\u00e9tabolomique. Vous \u00e9tudierez les modalit\u00e9s de r\u00e9utilisation des ressources s\u00e9mantiques existantes en lien avec la maintenance de cette ontologie (mis en \u0153uvre des principes OBO) et int\u00e9grerez l\u2019environnement de gestion de l\u2019ontologie dans une forge logicielle. L\u2019impl\u00e9mentation de l\u2019ontologie sera r\u00e9aliser au format OWL.\r\n\r\nCette d\u00e9marche fera l\u2019objet d\u2019une proposition de m\u00e9thodologie g\u00e9n\u00e9rique qui pourra \u00eatre transpos\u00e9e \u00e0 d\u2019autres cas d\u2019\u00e9tudes.\r\n

Comp\u00e9tences requises<\/strong><\/h2>\r\n\u00c9tudiant de niveau master 2\u00a0avec\u00a0:\r\n