{"id":4078,"date":"2022-10-13T12:06:53","date_gmt":"2022-10-13T11:06:53","guid":{"rendered":"https:\/\/ist.blogs.inrae.fr\/vocabulaires\/?page_id=4078"},"modified":"2024-04-19T14:49:26","modified_gmt":"2024-04-19T13:49:26","slug":"3-outils-transformer-tabule-skos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/istblogs.d-marheine.com\/lovinra\/3-outils-transformer-tabule-skos\/","title":{"rendered":"3 outils pour transformer du tabul\u00e9 en SKOS"},"content":{"rendered":"\t\t
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3 outils pour transformer du tabul\u00e9 en SKOS<\/h1>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Cette ressource s\u2019adresse aux personnes qui souhaitent adopter le standard SKOS (<\/strong>Simple Knowledge Organization System<\/i>)<\/strong> pour repr\u00e9senter une ressource terminologique<\/strong> (glossaire, th\u00e9saurus\u2026) initialement repr\u00e9sent\u00e9e dans un format tabul\u00e9 (csv, tsv, xls…).\u00a0<\/p>

Les motivations peuvent \u00eatre diverses : utiliser des outils m\u00e9tiers s’appuyant sur SKOS pour visualiser ou \u00e9diter le vocabulaire, l’exposer sur un portail publique comme Agroportal ou Loterre ou, de mani\u00e8re plus g\u00e9n\u00e9rale, pour rendre la ressource utilisable dans un syst\u00e8me d\u2019information ou par d\u2019autres utilisateurs, en d\u2019autres termes pour le rendre plus FAIR :\u00a0 plus Facile \u00e0 trouver (Findable), Accessible, Interop\u00e9rable, R\u00e9utilisable (Reusable).<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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SKOS est un mod\u00e8le relativement simple et facile \u00e0 s\u2019approprier pour les personnes famili\u00e8res des technologies web s\u00e9mantique et en particulier de RDF. Pour les personnes moins aguerries, le choix de l\u2019outil de transformation aura une incidence sur le temps de r\u00e9alisation et la qualit\u00e9 du r\u00e9sultat.<\/strong> Le projet FooSIN et le service Vocabulaires Ouverts ont test\u00e9 et compar\u00e9 3 outils avec comme objectif de guider ce choix en fonction du profil de l\u2019utilisateur et de la complexit\u00e9 des donn\u00e9es \u00e0 transformer.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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Nous avons choisi de tester\u00a0SKOS Play! Convertir, OpenRefine et Sheet2RDF int\u00e9gr\u00e9 \u00e0 VocBench<\/span>\u00a0car ils ne n\u00e9cessitent pas de comp\u00e9tences informatiques avanc\u00e9es pour les installer et les utiliser.\u00a0<\/p>

Cette ressource se compose de 4 parties :<\/p>

  1. SKOS : un standard pour une ressource s\u00e9mantique simple et FAIR (page s\u00e9par\u00e9e) ;<\/li>
  2. une courte pr\u00e9sentation de chacun des 3 outils : SKOS Play!, OpenRefine et Sheet2RDF<\/a><\/li>
  3. une proc\u00e9dure pas \u00e0 pas \u00e0 partir d\u2019un exemple simple pour transformer du format tabul\u00e9 en SKOS avec chacun des trois outils SKOS Play! Convertir, OpenRefine et\u00a0 Sheet2RDF dans VocBench<\/a><\/li>
  4. une pr\u00e9sentation des avantages et inconv\u00e9nients de chacune des trois solutions test\u00e9es.<\/a><\/li><\/ol>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    1. SKOS : un standard pour une ressource s\u00e9mantique simple et FAIR<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\t1. SKOS : un standard pour une ressource s\u00e9mantique simple et FAIR\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t
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    2. Des outils pour transformer un fichier tabul\u00e9 au format SKOS<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Nous avons choisi de tester trois outils libres et gratuits<\/b> qui permettent de transformer un fichier tabulaire contenant un vocabulaire simple en une ressource SKOS. Les trois outils sont SKOS Play!, OpenRefine et VocBench-Sheet2RDF<\/b>.\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    SKOS Play! Convertir<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    SKOS Play! <\/b>est un ensemble de services en ligne d\u00e9velopp\u00e9s et mis \u00e0 disposition gratuitement par la soci\u00e9t\u00e9 Sparna pour travailler avec des ressources s\u00e9mantiques au format SKOS.\u00a0 En plus de proposer de nombreux modes de visualisation de donn\u00e9es SKOS, SKOS Play! propose des services tr\u00e8s pratiques comme \u00ab\u00a0v\u00e9rifier le respect des r\u00e8gles d\u2019int\u00e9grit\u00e9 du mod\u00e8le SKOS\u00a0\u00bb et aussi \u00ab\u00a0convertir une feuille de calcul Excel en fichier SKOS\u00a0\u00bb. C\u2019est le service \u201cConvertir\u201d,\u00a0qui nous int\u00e9resse.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    OpenRefine<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    OpenRefine<\/b> est un outil open source maintenu par une communaut\u00e9 de d\u00e9veloppeurs b\u00e9n\u00e9voles. Il permet de r\u00e9aliser des traitements sur des donn\u00e9es pour les nettoyer, les ordonner et aussi les transformer d’un format \u00e0 un autre. Il est facile \u00e0 installer sur un poste de travail sous Windows, Mac ou Linux. OpenRefine n\u2019est pas un outil centr\u00e9 autour du mod\u00e8le de donn\u00e9es SKOS comme peuvent l\u2019\u00eatre les deux autres. Pour l\u2019usage que nous en faisons, il est n\u00e9cessaire d\u2019installer l\u2019extension RDF-openRefine<\/i>. La documentation, en anglais, est riche et pratique.\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Sheet2RDF dans VocBench<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    VocBench<\/b> est un outil d\u2019\u00e9dition de th\u00e9saurus ou d\u2019ontologies collaboratif et open source d\u00e9velopp\u00e9 par l\u2019Universit\u00e9 Tor Vergata, Rome. Le logiciel peut \u00eatre install\u00e9 sur un serveur ou sur un poste de travail. En plus des fonctionnalit\u00e9s d\u2019\u00e9dition, VocBench embarque divers outils pour v\u00e9rifier la syntaxe d\u2019un fichier, valider des alignements entre vocabulaires ou transformer un fichier tabulaire en RDF. C\u2019est ce dernier outil appel\u00e9 Sheet2RDF<\/b> que nous testons.\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tSKOS Play ! Convertir\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tOpenRefine\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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     3. Test des 3 outils<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Pour chaque outil pr\u00e9sent\u00e9 ci-dessus, nous expliquons bri\u00e8vement comment le prendre en main et r\u00e9aliser la transformation des donn\u00e9es \u00e0 partir d\u2019un jeu de donn\u00e9es test pr\u00e9sent\u00e9 ci-apr\u00e8s.\u00a0\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Pr\u00e9sentation du jeu de donn\u00e9es pour l\u2019exercice<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Ce jeu de donn\u00e9es test est un ensemble de 11 concepts d\u00e9crivant du mat\u00e9riel agricole (inspir\u00e9s d\u2019Agrovoc) et repr\u00e9sent\u00e9s sous forme d\u2019un tableau dont un extrait est montr\u00e9 dans le ci-dessous. Le jeu de donn\u00e9es test est t\u00e9l\u00e9chargeable au format Excel (utilis\u00e9 pour les tests) ou texte tabul\u00e9 (format ouvert).\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Dans le tableau suivant, nous indiquons pour chaque colonne du tableau d\u2019origine une description ainsi qu\u2019une explication de la mani\u00e8re dont l\u2019information contenue sera transpos\u00e9e en SKOS.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Nom de colonne<\/b><\/td>Description<\/b><\/td>Exemple<\/b><\/td>Correspondance en RDF\/SKOS<\/b><\/td><\/tr>
    ID\u00a0<\/td>un identifiant de concept<\/td>c_2631<\/i><\/td>Cette valeur sera transform\u00e9e en URI en le concat\u00e9nant avec l\u2019URI de base du vocabulaire : https:\/\/opendata.inrae.fr\/Thesaurus\/<\/i>. Ainsi l\u2019URI du concept d\u00e9crit dans la ligne 2 sera https:\/\/opendata.inrae.fr\/Thesaurus\/c_2631<\/i> et pourra \u00eatre raccourcie en th:c_2631 <\/i>puisque nous avons d\u00e9clar\u00e9 le pr\u00e9fixe th<\/i> pour cet URI de base.<\/td><\/tr>
    Libell\u00e9 FR<\/td>un terme pr\u00e9f\u00e9rentiel fran\u00e7ais<\/td>Mat\u00e9riel<\/i><\/td>Cette valeur deviendra l\u2019objet de la propri\u00e9t\u00e9 skos:prefLabel. <\/b>Pour rappel, cette propri\u00e9t\u00e9 associe au concept un terme pr\u00e9f\u00e9r\u00e9 dans chaque langue. Dans notre cas, il s\u2019agira d\u2019un litt\u00e9ral pour lequel on pr\u00e9cisera qu\u2019il s\u2019agit du fran\u00e7ais \u00e0 l\u2019aide de l\u2019attribut fr<\/i><\/td><\/tr>
    Synonyme FR<\/td>une liste de synonymes (ou termes alternatifs) en fran\u00e7ais, s\u00e9par\u00e9s par une virgule<\/td>\u00e9quipement, outillage<\/i><\/td>Ces valeurs deviendront chacune l\u2019objet d\u2019une propri\u00e9t\u00e9 skos:altLabel. <\/b>Pour rappel, cette propri\u00e9t\u00e9 associe au concept un terme alternatif, un synonyme du terme pr\u00e9f\u00e9r\u00e9. La valeur sera de type litt\u00e9ral et la langue sera sp\u00e9cifi\u00e9e par l\u2019attribut fr<\/i>.\u00a0<\/td><\/tr>
    Libell\u00e9 EN<\/td>un terme pr\u00e9f\u00e9rentiel anglais<\/td>equipment<\/i><\/td>Cette valeur sera transform\u00e9e pour \u00eatre l\u2019objet de la propri\u00e9t\u00e9 skos:prefLabel. <\/b>La langue du synonyme sera sp\u00e9cifi\u00e9e par l\u2019attribut en<\/i> pour anglais<\/td><\/tr>
    D\u00e9finition\u00a0<\/td>une d\u00e9finition en fran\u00e7ais<\/td>Les objets n\u00e9cessaires \u00e0 une exploitation<\/i><\/td>Cette valeur sera transform\u00e9e pour \u00eatre l\u2019objet de la propri\u00e9t\u00e9 skos:definition<\/b>. Pour rappel, cette propri\u00e9t\u00e9 associe au concept une d\u00e9finition textuelle. On peut pr\u00e9ciser la langue, ici on sp\u00e9cifiera fr<\/i> pour fran\u00e7ais<\/td><\/tr>
    Hi\u00e9rarchie (parents)<\/td>l’identifiant du concept plus g\u00e9n\u00e9rique s\u2019il existe<\/td>c_25753<\/i><\/td>Cette valeur deviendra l\u2019objet de la propri\u00e9t\u00e9 skos:broader<\/b>. Pour rappel, cette propri\u00e9t\u00e9 associe au concept un concept parent. La valeur attendue est un URI de concept d\u00e9fini dans une autre ligne<\/td><\/tr>
    Utilis\u00e9 pour<\/td>l\u2019identifiant d\u2019un concept li\u00e9 par une relation sp\u00e9cifique : un mat\u00e9riel agricole est utilis\u00e9 pour effectuer une t\u00e2che repr\u00e9sent\u00e9e par un autre concept<\/td>c_25675<\/i><\/td>La valeur de cette colonne sera transform\u00e9e pour \u00eatre l\u2019objet de la propri\u00e9t\u00e9\u00a0 th:Utiliser_pour. Le mod\u00e8le de donn\u00e9es SKOS ne poss\u00e8de pas de propri\u00e9t\u00e9 pour pr\u00e9ciser ce lien. Nous d\u00e9finirons donc une nouvelle propri\u00e9t\u00e9 adhoc intitul\u00e9e th:Utiliser_pour.\u00a0<\/td><\/tr><\/tbody><\/table>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t

    Nous supposerons que tous les concepts pr\u00e9sents dans le fichier appartiennent au m\u00eame sch\u00e8me. Ce sch\u00e8me a comme URI\u00a0 http:\/\/opendata.inrae.fr\/Thesaurus\/ThesaurusExemple<\/i>. En SKOS, on utilisera la propri\u00e9t\u00e9 skos:inScheme<\/i>. La propri\u00e9t\u00e9 skos:hasTopConcept <\/i>sera \u00e9galement utile pour indiquer quels concepts se trouvent \u201cen haut\u201d de l\u2019arbre, i.e. les concepts qui n\u2019ont pas de parents.<\/p>

    \u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

    \n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t
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    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t

    Apr\u00e8s transformation, l\u2019arbre des concepts se pr\u00e9sente ainsi :<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

    \n\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\t\"\"\t\t\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t

    Et voici un extrait du fichier SKOS en RDF\/XML.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\"\"\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t
    <\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t
    \n\n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\n\t\t\t\t<\/i>\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t
    \n\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tDonn\u00e9es du test\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t

    D\u00e9tail des tests en pas \u00e0 pas<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t
    \n\t\t\t\t\t\t\t\t\t

    A partir du jeu de donn\u00e9es test, nous vous indiquons la proc\u00e9dure pour transformer un fichier tabul\u00e9 en SKOS avec chacun des 3 outils test\u00e9s :<\/p>