{"id":10717,"date":"2024-10-11T07:08:18","date_gmt":"2024-10-11T06:08:18","guid":{"rendered":"https:\/\/vocabulaires-ouverts.inrae.fr\/?p=10717"},"modified":"2024-10-18T08:57:11","modified_gmt":"2024-10-18T07:57:11","slug":"milkoligothesaurus-un-vocabulaire-pour-retrouver-les-oligosaccharides-du-lait","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/istblogs.d-marheine.com\/lovinra\/milkoligothesaurus-un-vocabulaire-pour-retrouver-les-oligosaccharides-du-lait\/","title":{"rendered":"MilkOligoThesaurus, un vocabulaire\u00a0pour retrouver les oligosaccharides du lait"},"content":{"rendered":"\t\t
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MilkOligoThesaurus, un vocabulaire\u00a0pour retrouver les oligosaccharides du lait <\/h1>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Nous pr\u00e9sentons ici un retour d’exp\u00e9rience de la construction d’un vocabulaire destin\u00e9 \u00e0 l’exploration de textes et de donn\u00e9es dans le cadre de l’ANR HoloOLIGO.<\/b><\/span><\/p>

La d\u00e9marche s’est bas\u00e9e sur une exploration de la litt\u00e9rature et des bases de donn\u00e9es scientifiques. Les informations collect\u00e9es ont ensuite \u00e9t\u00e9 consign\u00e9es sous la forme d’un vocabulaire standardis\u00e9 \u00e0 l’aide de SKOS et rendu public.<\/span><\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t

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Contexte<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Les oligosaccharides du lait (milk oligosaccharides ou MO) suscitent un int\u00e9r\u00eat croissant en raison de leurs nombreux avantages pour la sant\u00e9 des nouveau-n\u00e9s et tout au long de la vie.<\/strong> Un grand nombre de structures d’oligosaccharides ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9es dans le lait des mammif\u00e8res. Toutefois, la structure des MO est particuli\u00e8rement difficile \u00e0 d\u00e9crire car elle r\u00e9sulte de la combinaison de 5 monosaccharides li\u00e9s par diverses liaisons glycosidiques formant des matrices structurellement diverses et complexes d’oligosaccharides lin\u00e9aires et ramifi\u00e9s.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\t\"nommage_oligosaccharide\"\t\t\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t
Exemple de la diversit\u00e9 d\u2019appellation d\u2019un oligosaccharide vus dans 6 articles de la litt\u00e9rature<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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L’exploration de la litt\u00e9rature et l’extraction d’informations pertinentes sur la diversit\u00e9 des MO au sein d’une m\u00eame esp\u00e8ce ou d’une esp\u00e8ce \u00e0 l’autre semblent prometteuses pour \u00e9lucider le r\u00f4le structure-fonction des MO. Cependant, la mani\u00e8re de nommer ces MO varie grandement d\u2019un auteur \u00e0 l\u2019autre, ce qui rend cette exploration difficile.<\/strong> L\u2019existence d\u2019un th\u00e9saurus listant et organisant les oligosaccharides du lait et leurs synonymes permet de contourner cette difficult\u00e9.<\/span><\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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Le projet ANR holoOLIGO<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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\"\"<\/a>Premier pr\u00e9biotique disponible pour le nouveau-n\u00e9, les oligosaccharides du lait (MO) r\u00e9gulent la composition du microbiote intestinal et modulent la r\u00e9ponse immunitaire de l’h\u00f4te, jouant un r\u00f4le crucial dans l’assemblage de l\u2019holobionte. Le projet ANR HoloOLIGO s\u2019int\u00e9resse \u00e0 deux mod\u00e8les d\u2019animaux d’\u00e9levage (le porc et le lapin) de maturit\u00e9 diff\u00e9rente \u00e0 la naissance, pour \u00e9lucider les liens de causalit\u00e9 entre les structures des MO et le d\u00e9veloppement du microbiote et du syst\u00e8me immunitaire des jeunes.<\/strong> Ce projet combine trois types d\u2019approche :<\/p>

  1. in silico avec la production d\u2019une base de donn\u00e9es par data mining, afin de disposer d\u2019un outil de visualisation et d\u2019analyse de la diversit\u00e9 des structures des MO couvrant l\u2019ensemble des mammif\u00e8res<\/li>
  2. in vitro pour la r\u00e9alisation de test structure\/fonction des MO sur bact\u00e9ries commensales et les cellules intestinales immunitaires et<\/li>
  3. in vivo pour l\u2019exploration de la diversit\u00e9 des MO, la validation de leur effets et l\u2019\u00e9valuation du d\u00e9terminisme g\u00e9n\u00e9tique de la composition des MO.<\/li><\/ol>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Organisation du projet HoloOLIGO<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    \n\t\t\t\t\t\t\n\t\t\t\t\t\t\tANR holoOLIGO\t\t\t\t\t\t<\/a>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\n\t\t\t\t\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t
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    Le th\u00e9saurus MilkOligoThesaurus <\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    MilkOligoThesaurus contient les noms et synonymes d’oligosaccharides du lait collect\u00e9s \u00e0 partir d’articles cl\u00e9s sur les analyses du lait de mammif\u00e8res.<\/strong> Chaque entr\u00e9e propose une description compl\u00e8te de leur composition en monosaccharides ainsi que de leur structure. Lorsqu’elle est disponible, chaque mol\u00e9cule de MO unique est li\u00e9e \u00e0 son identifiant dans les bases de donn\u00e9es PubChem et ChEBI du NCBI.\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Produit dans le cadre de l\u2019ANR HoloOLIGO, ce th\u00e9saurus est une ressource pr\u00e9cieuse qui rassemble les variations de d\u00e9nomination des MO qui ne sont pas trouv\u00e9es ailleurs pour (i) l’exploration de textes et de donn\u00e9es<\/strong> afin de permettre l’annotation automatique et l’extraction rapide de donn\u00e9es sur les oligosaccharides du lait \u00e0 partir d’articles scientifiques ; (ii) les chercheurs en biologie qui souhaitent rechercher ou d\u00e9chiffrer la structure des oligosaccharides du lait<\/strong> sur la base de n’importe lequel de leurs noms, abr\u00e9viations ou compositions de monosaccharides.<\/span><\/p>

    MilkOligoThesaurus est disponible \u00e0 l\u2019origine sous forme d\u2019un fichier texte tabul\u00e9. Il rassemble 245 structures d’oligosaccharides uniques d\u00e9crites par 22 caract\u00e9ristiques<\/strong> (colonnes), dont le nom de la mol\u00e9cule, son abr\u00e9viation, les identifiants des bases de donn\u00e9es chimiques<\/strong> si disponibles, la composition du monosaccharide, les informations chimiques<\/strong> (formule mol\u00e9culaire, masse monoisotopique), les synonymes<\/strong> pour les diff\u00e9rentes d\u00e9nominations ou d\u00e9signations existantes, sa formule sous forme condens\u00e9e, et sous forme condens\u00e9e abr\u00e9g\u00e9e, le nom syst\u00e9matique abr\u00e9g\u00e9, le nom syst\u00e9matique, le groupe d’isom\u00e8res et les sources des articles scientifiques<\/strong>. Le contenu du th\u00e9saurus \u00e9voluera au fur et \u00e0 mesure de la d\u00e9couverte de nouveaux oligosaccharides du lait ou de nouvelles mani\u00e8res de les nommer.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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    Comment MilkOligoThesaurus a \u00e9t\u00e9 rendu plus FAIR<\/span><\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Plus Interop\u00e9rable et plus facile \u00e0 R\u00e9utiliser<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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    Afin de rendre son contenu interpr\u00e9table par les machines et ainsi faciliter sa r\u00e9utilisation, MilkOligoThesaurus est distribu\u00e9 au format tabul\u00e9 d’origine ainsi qu’au format RDF en suivant le standard SKOS<\/b> (Simple Knowledge Organization System) pr\u00e9vu pour repr\u00e9senter des vocabulaires simples dont les th\u00e9saurus.<\/p>

    Sur les aspect I et R des principes FAIR, RDF et SKOS permettent respectivement :<\/p>