Stage : 5-6 mois, Extraction d'information sur les maladies transmises par vecteurs chez les plantes, INRAE (Jouy en Josas)
Proposition de stage Master 2 IEV 2024
Extraction d’Information sur les maladies transmises par vecteurs chez les plantes / Information extraction on vector-borne diseases in plants from the literature
Lieu : unité MaIAGE, Centre de recherche INRAE de Jouy en Josas,
Durée : 5 à 6 mois entre février et août 2024
Sujet du stage
Le projet porte sur l’extraction automatique de relations biologiques à partir de documents. Il ciblera en priorité trois espèces particulières de psylles (insectes piqueurs suceurs) vecteurs de bactéries responsables de maladies des arbres fruitiers. Les événements représentant les interactions biologiques entre microbe, insecte, plante et leurs lieux et dates d’observation sont dénotés dans les textes scientifiques par des formulations complexes variables qui portent fréquemment sur plusieurs phrases. L’enjeu sera d’extraire ces événements (relations n-aires) par des méthodes d’apprentissage profond (/deep learning, language model/) avec un nombre limité d’exemples produits manuellement et à l’aide bases de connaissance externes.
Profil
- Master 2 en Informatique, orienté Traitement Automatique des
Langues et/ou Apprentissage automatique - Expérience de /deep learning/
- Expérience en TAL et/ou utilisation de la bibliothèque HuggingFace
- Maîtrise de l’anglais ou français courant.
- Compétences techniques requises : Python et/ou Java
- Intérêt pour les applications en biologie et le travail
interdisciplinaire.
En savoir plus
https://jobs.inrae.fr/ot-19440
https://maiage.inrae.fr/sites/default/files/2023-12/Stage%20IEV.pdf